An 2100. Lorsque le dernier pilote compatible avec un Robot Unit est tué en combat, le Conseil des Douze Métropoles doit faire un choix. Succomber aux S-Cats, ces créatures mi-organiques, mi-mécaniques, qui ont balayé l'humanité il y a 25 ans et obligé les survivants à se réfugier sous terre. Ou bien faire appel à la Black List et confier les plus puissantes machines dévastatrices jamais construites à de dangereux psychopathes.
La Robots Units Shock Team a volé en éclats. Pendant que Draxler est rappelé à Zemrude pour défendre la ville contre Firecracker, Angel et Becky sont de retour auprès de Furinkan. Le moment est venu pour eux d'apprendre les secrets du C.S.T.U., des Robots Units et des S-Cats, avant de partir en Antarctique pour l'ultime bataille. Une véritable mission-suicide menée contre White Strike, le plus ancien et le plus puissant des envahisseurs...
Après avoir fui la Treizième Métropole, Angel doit participer à une nouvelle mission collective. Baptisée « Opération Grey Day », elle a pour but de retrouver et de ramener à la surface Deepwalker, un robot abîmé au fond des océans. Mais tandis qu'un nouveau pilote rejoint le groupe, le plan orchestré par le professeur Furinkan semble bien en passe de tourner à l'échec : pour un des membres de l'équipe, le moment de la rébellion est venu.